首先比较公认的说法是中药通过其活性组分发挥作用。这很好理解，中药说白了就是一堆混合在一起的天然产物，当然也可以简单理解为混合在一起的一堆植物，一个方剂包含的化合物成千上万，乃至几十万种，*知道是哪种起了作用。所以传统的中药课题组就开始尝试中药组分的分离与活性鉴定，精简成分，取其精华去其糟粕嘛。可是分析来分析去发现要不就找不到起决定作用的成分，要不就是起决定作用的成分单独药效不如原方，在不就是成分好不容易找到了但难以合成，这个可以参考紫杉醇。
这时候就有人萌生了另一种想法：既然中药包含的化合物那么多，分离分析，药效鉴定都很困难，那干脆不要分离了。中药能产生作用一定是这些组分协同的结果。“等效成分群”的概念横空出世。
“等效成分群”认为中药具有多成分、弱效应、协调整合作用的特点，其整体药效的发挥不是单一成分药效的简单加合，而是存在着成分间多层次、多环节、多维度的非线性作用。基于此，研究思路可以调整为：在整体中解析部分，由部分回归整体，即在中药复方整体的基础上，遵循原方成分含量比例，评估“部分”对“整体”的贡献，从众多成分中寻找能基本代表原方疗效的“等效成分群”。
中药等效成分群研究思路
“等效成分群”概念的提出可以说是中药研究的一个巨大突破，它有力推进了中药复杂体系由“说不清”的传统形态向“等效成分群明确”的现代形态转变。但我们可以发现它依旧缺乏说服力，首先“等效成分群”的寻找是一个更费时间费精力的工作，其次也不是所有中药都可以找到“等效成分群”。
于是就有了第三种说法，中药是通过目前科学体系所解释不了的途径发挥作用。首先你必须要承认一点，中药和西药的起源是不一样的，西药的根基是现代科学而中药的根基是中华民族五千年来的医学实践。所以才会存在目前这种虽然知道中药有效但其机制并不明确的情况，因为他们原本就起源于两个不同的体系，注意我这里说的是起源于。
现代医学认为人体有三大调节系统：神经调节；体液调节和激素调节。但是这个系统并不是固定的，相信随着科学的进步一定可以再完善。那我们既然承认中药有作用可目前这三个系统又解释不了，我们就完全有理由相信中药有其独特的作用方式，只是我们还没发现。
虽然到目前为止中药如何发挥作用存在争议，但有一点可以肯定，那就是中药发挥作用绝对不是通过中医传统的“阴阳五行”，毕竟有作用的中药也是一门科学不是玄学。
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